Nastavenie OS X ako vedecký programovacom prostredie

Je tu už veľa OS X vecí na webe. Táto stránka je jednoducho kuchárka, ako som tieto zdroje dať dohromady môj systém. Čo nasleduje, je určený na krok-za-krokom návod pre nových užívateľov, aby zriadili svoje OS X Mac pracovať v prostredí Unix. Ako taký, to nie je pre každého. Tiež som nehodlám byť komplexný zoznam všetkých zdrojov, ktoré sú riešené s elsewere, ale robiť prejdite na odkazy, kde relevantné. Nemám aktualizovať pre každý OS X verzie, ale väčšina vecí tu sú všeobecne akékoľvek uvoľnenie od 10,2 Pre existujúce zdroje HPC pre OS X, pozri http://hpc.sourceforge.net/. Pozadie OS X stavia všetky štandardné komerčné softvérové nástroje (Word, Illustrator, Matlab) a unix programovacie prostredie hladko do jedinej krabici. To predstavuje mnoho výhod vedeckého programovania vo vzťahu k ostatným stolný systémov založených na Windows, Linux, alebo Unix. Zatiaľ čo mnoho unix a linux balíčky existujú pre prípravy dokumentu, existuje veľa dôvodov, prečo by sa dalo chcú mať prístup k štandardným komerčných nástrojov, ktoré beží len na Windows a Macintosh počítačov (napr. od spoločnosti Microsoft a Adobe). V minulosti sa však, integráciu týchto počítačov do primárneho počítačového systému bol nevhodný. OS X je unixový jadro umožňuje NFS, X okná, a väčšina spoločných Unix / Linux softvérových nástrojov je možné spustiť na Mac, takže Mac môže byť len ďalší počítač Unix. Fortran alebo c kód môže byť priamo rozdelené medzi mac a ďalšie platformy. Takže, je potrebné už rozhodnúť medzi tým, keď v systéme UNIX alebo systém Office svojom stole, OS X robí oboje. Apple má stránku na Unix rozvoja, ktorý je dobré miesto pre štart. Ako dodáva, OS X je nastavenie pre non-technickej užívateľa Mac tradičné, nie ako krabica unix. Správa systému je tiež nie je úplne rovnaký ako pole unix. Takže, len pár ďalších krokov je potrebné vykonať, aby si to na všetku prácu. Kuchárka Tu sú veci, čo som musel urobiť, aby sa moje PowerBook funkcie pre mňa pomocou open-source nástrojov. Tam môže byť lepšie spôsoby, ako okolo, ale bez veľkého dokumentácie, to je to, čo som potreboval urobiť. (Tam, kde dávam príkazového riadku pokynov (tj v rámci shellu beží Terminal), znak% je výzva pre bežných užívateľov. Sudo príkaz vám dáva oprávnenie správcu a môže byť spustený len niekto v admin skupine.)

1. Nastaviť uid, aby zodpovedali uid na existujúcu sieť unix
2. Nastaviť NFS do existujúceho unixového sieti
3. Nainštalujte X Windows. Apple dodáva X11 emulujúce aplikácie, ale to nie je súčasťou štandardnej inštalácie. Ak inštalujete z CD, zvoľte vlastnú inštaláciu a budete mať možnosť X11. Pri nových počítačov, X11 inštalátor je asi niekde na pevnom disku. Môžete tiež spustiť z XFree86 z projektu Fink (pozri nižšie).
4. Nainštalujte Fortran a C kompilátory
5. Inštalácia Fink alebo MacPorts Ak je to žiaduce, aby, aby softvér inštaluje jednoduchšie. Fink je systém na správu balíkov prevzaté z GNU Debian Linux. MacPorts je podobný nástroj prevzatý z BSD. Podľa mojich skúseností, Fink je trochu viac užívateľsky prívetivé (pokiaľ sa používa na binárne inštalácie a FinkCommander GUI), ale MacPorts je spoľahlivejšie. MacPorts má teraz GUI tiež, portikus , ktorý vyžaduje OS X 10.4.
6. Rokovania s binárnymi dátami Mac používa iný binárny formát od Intelu, AMD, a Alpha systémy. G4 používa tzv "big endian" byte poradí, rovnako ako väčšina ďalších unixových platformách. x86 (Intel, AMD) a Alpha (Dec / Compaq / HP) používať "little endian". To môže spôsobiť problémy s nelegálne binárne dáta medzi platformami. Najlepším riešením je použiť na platforme nezávislé self-popisujúci formát ako netCDF alebo HDF alebo dokonca Gzipped ASCII. NetCDF je k dispozícii pre OS X od vyššie uvedený odkaz alebo Fink Tieto OS X porty podporujú iba Fortran-77 rozhranie, cez G77. Ak používate komerčné Fortran-95 kompilátora, ako NAGware, kompilovať sami podľa týchto pokynov , aby si na F90 rozhranie. HDF je tiež k dispozícii pre OS X od HDF webových stránok súvisí vyššie alebo Fink . Pre rokovania s surový binárne, prečítajte si tento článok .
7. Optimalizované matematické knižnice. Ak si nejaké maticové operácie s G4/G5, budete chcieť použiť lapačky a BLAS knižnice, ktoré využívajú vektora procesora. Macy sú teraz zahrnuté v automaticky naladených Lineárne algebra Software ( ATLAS ) balenia. K dispozícii je aj predkompilované G4 knižnica tu . ATLAS obsahuje plné ladené Blas a čiastočné lapačky. Vzhľadom k tomu, OS X 10.2 , Apple obsahuje optimalizovaný ATLAS / lapačky knižnice v vecLib rámca. Obaja NAG F95 a G77 prijať-rámec veclib flag odkazy na veclib. Napr:

   % F95-o prog prog.f90-rámec veclib 

   Absoft má smer tu .
8. Inštalovať ďalšie nástroje, ako je potreba. Kompletné zoznamy existujú elesewhere na webe, ako sú:
   • zradiť
   • Jablko
   Tu je niekoľko špecifických veci sa mi páči:
   • Emacs textový editor: Zistil som, že najlepšie emacs pre OS X je GNU Emacs v jeho novom uhlíka verzii . To je len začína byť podporovaná, takže neexistujú žiadne oficiálne binárky. Najlepším riešením je stavať to zo zdroja, alebo sa snažia nájsť rozumne aktuálne binárne on-line. Dva dobré binárne súbory na stiahnutie sú prepojené Apple:
     • http://www.apple.com/downloads/macosx/unix_open_source/carbonemacspackage.html
     • http://www.apple.com/downloads/macosx/unix_open_source/aquamacsdistributionofemacs.html
     Ak chcete vytvoriť zo zdroja, stiahnite zdroj z CVS:

      setenv CVS_RSH "ssh"  cvs-z3-d: ext: [email protected] :/ cvsroot / emacs emacs čo> cvs.out

     a kompilácie:

      cd emacs  . / configure - enable-uhlík-app - bez-x> a configure.err  aby Bootstrap> & make.err

     Pre X Windows, Xemacs je dobrá voľba, a je k dispozícii od Fink ).
   • NetCDF : Toto je zásadný balík pre atmosférické vedy dátových sad. Ak používate G77, môžete si ju z Fink. Ak používate fortran90 kompilátor, budete musieť stiahnuť zdroj a stavať sami. Stavia sa pekne s NAG F95 po tejto proceedure .
   • XY grafy: milosť (inštalácia pomocou Fink )
   • Vykreslenie atmosférické dátových polí: Jednoduché príkazového riadku skriptovanie balenia: grady . OS X verzie z Whit Anderson na COLA. NCAR Grafika je k dispozícii ako pre-postavený dvojhviezd. Tieto programy používajú G77, ale môže byť použitý s XLF alebo NAG kompilátory, ak uvediete g2c knižnice pri kompilácii (napr. add-lg2c).
   • Adobe Illustrator . EPS súbory z milosti, grady a NCAR grafiky (eps alebo CGM) sú ľahko otvoriť a upravovať pomocou Illustrator.
   • Microsoft Office . Adobe eps súbory môžu byť ľahko začlenené do dokumentov aplikácie Word.
9. Nastaviť tlačiarne. Môžete pridať sieťové tlačiarne LPR visí unix políčok pomocou Print Center v prípade, že tlačiarne nepodporujú AppleTalk. Ak dôjde k chybe PrintCenter, potom si prečítajte opravy Print Center .

Softvér pre atmosférické a Ocean veda

Mnoho z populárnych nástrojov používaných atmosféry a oceánov vedci pre analýzu dát a vizualizáciu sú k dispozícii na Mac OS X. Ide o:

• MATLABŠtudent verzia $ 99, Komerčné balenie 1.900 dolárov - vrátane pluginov k dispozícii
• NCAR GraphicsZadarmo na stiahnutie binárne. Fortran Knižnice sú vytvorené pomocou G77, ale môže byť použitý s XLF alebo NAG kompilátory, ak uvediete g2c knižnice pri kompilácii (napr. add-lg2c) a-qextname príznak XLF. NCAR Grafika je Fortran a C na báze softvér pre vedeckú vizualizáciu.
• NCAR Command LanguageZadarmo k stiahnutiu binárne NCL je programovací jazyk navrhnutý špeciálne pre analýzu a vizualizáciu dát
• GradyZadarmo k stiahnutiu binárne Grid analýza a zobrazovací systém (grady) je interaktívny desktop nástroj, ktorý sa používa pre ľahký prístup, manipuláciu a vizualizáciu Veda o Zemi údajov
• NetCDFzdarma na stiahnutie source NetCDF (sieť Common Dátový formulár) je rozhranie pre pole-orientované prístup k dátam a voľne distribuovaný zber softvérových knižníc pre C, Fortran, C + +, Java a Perl, ktoré poskytujú implementácia rozhrania. NetCDF je štandardný formát pre distribúciu atmosfére a oceánskych dát po celom svete.
• Vis5DZadarmo zdrojový kód na stiahnutie Vis5D je softvérový systém, ktorý môže byť použitý na vizualizáciu ako rastrových priestorových dát a nepravidelne umiestnených dát. Zdroje pre týchto dát môže pochádzať z numerických modelov počasia, povrchových pozorovanie a ďalších podobných zdrojov.
• FretkaBezplatne binárne. OS X podpora je iba čiastočná / beta Fretka je interaktívne počítačová vizualizácia a analýzy prostredia, navrhnuté tak, aby vyhovovali potrebám oceanographers a meteorology analýzu veľkých a komplexných mriežkovej dát.

Ďalšie odkazy

• Andy Jacobson je Mac OS X pre oceánografovia a atmosféry vedcov
• MacAddict
• Apple OS X Developer
• Unix aplikácií a utilít na Apple
• Griffman tieto OS X kolekcia - obsahuje comprhensive sprievodca OS X na sformátovaný pdf dokumente.
• Univ of Wisconsin má veľký stránku pre Mac
• OS X a X windows článok na Rutgers
• Správa z ETH Zürich hodnotenie MacOSX Unix integrácie

E-mail: [email protected]

 

Preložené z http://www.atmos.washington.edu/~salathe/osx_unix/ Homepage